Bioinformatik 2015
Für die Übungen sind 8 Gruppen vorgesehen.
Für die Übungen brauchen je zwei Studierende ein Notebook mit WLAN Zugang. Bitte sprechen Sie sich ab und melden sich rechtzeitig bei mir (TL), falls die eigenen Notebooks nicht ausreichen. Bitte installieren Sie rechtzeitig die unten aufgelisteten Programme bzw. richten Sie einen account für sich ein.
Programme
| ClustalX2, Clustal Omega |
http://www.clustal.org/clustal2/, bitte installieren |
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| Itol |
itol.embl.de, bitte account einrichten |
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| Muscle | http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm, installieren |
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| Phylip |
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip/getme.html, installieren |
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| Mega 6 |
http://www.megasoftware.net/, installieren |
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| Ape |
http://biologylabs.utah.edu/jorgensen/wayned/ape/, installieren |
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| Pymol |
über http://pymol.org/educational/ installieren (oder hier für Linux bzw. Windows) |
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Für Windows-Bestriebssysteme: bitte richten Sie ein Verzeichnis ein, in das die Programme ClustalX2, Clustal Omega, Muscle, Phylip verschoben werden. In dem Verzeichnis werden später die Sequenzen abgelegt und bearbeitet. Bitte schalten Sie in der Systemsteuerung - > Ordneroptionen "Erweiterungen bei bekannten Dateitypen ausblenden" ab, siehe Bild:
Einteilung der Gruppen
Die Gruppeneinteilung finden Sie auf dieser Seite.
Zeitplan
| Vorlesung | Gaede-Hörsaal Geb 30.22 | |||||
| Montag, 8. Juni 2015 | 09:45-11:15 | 16. Bioinformatische Analysen 1 | Lamparter | Unterlagen 16 und 17 |
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| Mittwoch, 10. Juni 2015 | 09:45-11:15 | 17. Bioinformatische Analysen 2 | Lamparter | |||
| Montag, 15. Juni 2015 | 09:45-11:15 | 18. Bioinformatische Analysen 3 | Kämper | link zu Folien für 18 |
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| Mittwoch, 17. Juni 2015 | 09:45-11:15 | 19. Expressionsanalysen | Fokina | Unterlagen für 19 |
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| Montag, 22. Juni 2015 | 09:45-11:15 | 20. in-silico protein characterisation, 3D | Gescher | Unterlagen für 20 |
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| Übungen | ||||||
| Die Übungen müssen bis 10. Juli per Email oder Dropbox bei dem Betreuer abgegeben werden. Punkte werden auf die Modul 4 Klausur angerechnet. |
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| Tag | Uhrzeit | Thema | Dozent, Gruppen | Raum | Dozent, Gruppen | Raum |
| Dienstag, 23. Juni 2015 | 14:00-18:00 |
Alignment
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Lamparter/Falk 1,2 | 30.28 R 220 und R 120 |
Fan/Lohmeyer 3,4 | 30.28 R 005 oder R 004 |
| Mittwoch, 24. Juni 2015 | 14:00-18:00 |
Protein |
Gescher 1,2 | 30.44 Raum 007 EG | Fokina 3,4 | 30.44 Raum 007 EG |
| Donnerstag, 25. Juni 2015 | 14:00-18:00 | Klonierung | Kämper 1,2 | 30.44 Raum 007 EG | Dötsch 3,4 | 30.44 Raum 007 EG |
| Dienstag, 30. Juni 2015 | 14:00-18:00 | Alignment | Lamparter/Falk 5,6 | 30.28 R 220 und R 120 | Fan/Lohmeyer 7,8 | 30.28 R 005 oder R 004 |
| Mittwoch, 1. Juli 2015 | 14:00-18:00 | Protein | Gescher 5,6 | 30.44 Raum 007 EG | Fokina 7,8 | 30.44 Raum 007 EG |
| Donnerstag, 2. Juli 2015 | 14:00-18:00 | Klonierung | Kämper 5,6 | 30.44 Raum 007 EG | Dötsch 7,8 | 30.44 Raum 007 EG |
| Freitag, 10. Juli 2015 |
letzter Abgabetermin der Aufgaben |
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| Freitag, 17. Juli 2015 | Semesterende |